Q1. cygwin上でjavacを実行するとcommand not foundのエラーがでる．
A1. ユーザ環境変数のpathが正しく設定されていません．Windows上で以下のように設定してください．
スタート→設定→コントロールパネル→システム→詳細→環境変数で，ユーザ環境変数のpathの最後に";C:\j2sdk1.4.1_01\bin"を付け加える．
Q2. プログラムの途中から図形や文字が表示されなくなる．
A2. Javaプログラムが実行時エラーを起こしている可能性があります．Explorerで実行時エラーを表示させるには「ツール」→「SunのJavaコンソール」で表示されます．appletviewerを使うとcygwin上に実行時エラーが出ます．